Američki Centri za kontrolu i prevenciju bolesti, CDC, pokrenuli su konzorcij za pokretanje nacionalne mreže laboratorija za sekvenciranje koji će ubrzati puštanje podataka o sekvenci SARS-CoV-2 u javnu domenu. Brzo objavljivanje podataka o sekvenci otvorenog koronavirusa pomoći će vam u usmjeravanju Covid-19 odgovor na javno zdravstvo, poticati inovacije i otkrića te unaprijediti razumijevanje ove i budućih pandemija.
Ovaj Sekvenciranje SARS-CoV-2 za hitne reakcije, epidemiologiju i nadzor u javnom zdravstvu (SPHERES) konzorcija, koji će uvelike proširiti upotrebu sekvenciranje cijelog genoma (WGS) virusa COVID-19. SPHERES će pružiti dosljedne podatke o redoslijedu u stvarnom vremenu timovima za javno zdravstvo koji istražuju slučajeve i klastere COVID-19 širom zemlje.
Ovaj novi konzorcij pomoći će im da bolje razumiju kako se virus širi, kako na nacionalnoj razini, tako i u njihovim lokalnim zajednicama. Bolji podaci, pak, pomoći će službenicima javnog zdravstva da prekinu lance prijenosa, spriječe nove slučajeve bolesti i zaštite i spasu živote.
“SAD su svjetski lider u naprednom brzom sekvenciranju genoma. Ovaj koordinirani napor u našim javnim, privatnim, kliničkim i akademskim laboratorijima javnog zdravstva igrat će vitalnu ulogu u razumijevanju prijenosa, razvoja i liječenja SARS-CoV-2. Uvjeren sam da naši najbolji i najvještiji umovi rade zajedno kako bi nam pomogli spasiti živote danas i sutra, ”rekao je direktor CDC-a Robert Redfield, dr. Med.
Praćenje virusa COVID-19 kako se razvija
Podaci o genomskim sekvencama mogu dati uvid bez presedana u biologiju SARS-CoV-2, virusa koji uzrokuje COVID-19, i pomoći u definiranju promjenjivog krajolika pandemije. Redoslijedom virusa diljem Sjedinjenih Država, CDC i druga tijela javnog zdravstva mogu nadzirati važne promjene u virusu i koristiti ove podatke za usmjeravanje traženja kontakata, napora za ublažavanje javnog zdravlja i strategija za kontrolu infekcije.
Konzorcij SPHERES ambiciozan je napor na nacionalnoj koordinaciji sekvenciranja genoma SARS-CoV-2, organiziranjem desetaka manjih, pojedinačnih napora u jedinstvenu, distribuiranu mrežu laboratorija, institucija i korporacija. Konzorcij kombinira stručnost, tehnologiju i resurse 40 državnih i lokalnih odjela za javno zdravstvo, nekoliko velikih kliničkih laboratorija i preko dva tuceta suradničkih institucija iz savezne vlade, akademske zajednice i privatnog sektora.
SPHERES će uspostaviti najbolje prakse i konsenzusne standarde podataka, ubrzati otvorenu razmjenu podataka i uspostaviti fond resursa i stručnosti koji će pomoći u uvođenju najmodernijih tehnologija u nacionalni odgovor na COVID-19.
Podaci o SPHERES otvorenim, podijeljenim
Članovi konzorcija dijele obvezu brzog dijeljenja otvorenih sekvenci. Planiraju predati sve korisne podatke o slijedima u javna spremišta u Nacionalnom centru za biotehnološke informacije Nacionalne medicinske knjižnice (NLM / NCBI), Globalnoj inicijativi za dijeljenje podataka o ptičjoj gripi (GISAID) i drugim javnim spremištima za slijed. To će vam osigurati da podaci o virusnim sekvencama iz cijelog Sjedinjenih Država budu brzo dostupni za donošenje odluka u javnom zdravstvu i slobodno dostupni istraživačima svugdje.
Članovi konzorcija uključuju:
Savezne agencije i laboratoriji
Centri za kontrolu i prevenciju bolesti, Ured za napredne molekularne detekcije
Argonne National Laboratory
Agencija za zdravstvenu zaštitu, Globalna zarazna Bolest prismotra
Food and Drug Administration
Lawrence Berkeley Nacionalni laboratorij
Nacionalni laboratorij Los Alamos
Nacionalni institut za alergije i zarazne bolesti, Ured za genomiku i naprednu tehnologiju
Nacionalni institut za standarde i tehnologiju
Nacionalno središte za biotehnološke informacije Nacionalne medicinske knjižnice
Walter Reed Army Institute of Research
Državni / lokalni javni zdravstveni laboratoriji
Arizona
Kalifornija
Delaware
District of Columbia
Florida
Havaji
Mejn
Maryland
Massachusetts
Michigan
Minnesota
Sjeverna Karolina
Sjeverna Dakota
Nevada
New Mexico
New York
Utah
Virginia
Vašington
Wisconsin
Wyoming
Akademske institucije
Sveučilište Baylor
Cornell University
Fred Hutchinson Centar za istraživanje raka
Medicinski fakultet Mount Sinai
New York University
Sveučilište sjeverne Arizone
Sveučilište u Buffalu
University of California, Berkeley
Kalifornijsko sveučilište, Davis
University of California, Irvine
Kalifornijsko sveučilište, Los Angeles
Kalifornijsko sveučilište, San Francisco
Kalifornijsko sveučilište, Santa Cruz
Sveučilište u Chicagu
Sveučilište Maryland
Sveučilište u Minnesoti
Sveučilište Nebraska
Sveučilište u New Mexicu
Sveučilište u Washingtonu
Sveučilištem Yale
korporacije
Abbott dijagnostika
bioMerieux
Genomika boja
Ginko Bioworks
ID po DNK
U-Q-Tel
LabCorp
Jedan Kodeks
Oxford Nanopore Technologies
Pacifičke bioznanosti
Qiagen
Quest Diagnostics
Zaista znanosti o životu
Imena korporacija navedena su samo u informativne svrhe i njihovo uključivanje ovdje ne znači da su američki centri za kontrolu i prevenciju bolesti podržali korporacije ili bilo koji njihov komercijalni proizvod ili uslugu.
Neprofitni instituti za javno zdravstvo ili istraživanja
Udruga laboratorija za javno zdravstvo
Bill i Melinda Gates Foundation
Široki institut
Chan Zuckerberg BioHub
Institut Craig Venter
Savez za javno zdravstvo za genomsku epidemiologiju
Istraživanje Scrippsa
Jackson Laboratory
Institut za translacijsku genomiku - sjever
Walderova zaklada
Tijekom posljednjih šest godina, CDC-ov Ured za napredno molekularno otkrivanje uložio je u savezne i državne laboratorije za javno zdravstvo kako bi proširio uporabu genomike patogena i drugih naprednih laboratorijskih tehnologija za nadzor zaraznih bolesti i odgovor na izbijanje bolesti. Trenutna investicija konzorcija želi spasiti živote u pandemiji SARS-CoV-2 i pripremiti Sjedinjene Države i svijet za budući odgovor na pandemiju.
Da biste saznali više o genomskom sekvenciranju ili radu CDC-a u naprednoj molekularnoj detekciji, posjetite https://www.cdc.gov/amd/
