(Ne) uobičajeni osumnjičenik za novi koronavirus porijeklom sa šišmiša

A nedavna studija identificira o novi koronavirus odgovoran za epidemiju upale pluća u kineskoj provinciji Hubei—Virus podrijetla šišmiša povezan je s drugim poznatim patogenim koronavirusima

Korištenje električnih romobila ističe 2019 novi koronavirus (CoV) uzrokuje fatalnu upalu pluća koja je odnijela više od 1300 života, s više od 52000 potvrđenih slučajeva zaraze 13. veljače 2020., sve u rasponu od nešto više od mjesec dana. Ali, što je ovaj virus? Je li to uopće novi virus? Odakle je došlo? Znanstvenici iz vrhunskih istraživačkih instituta u Kini udružili su se kako bi odgovorili na ova pitanja, a ova pionirska studija objavljena je u Kineski medicinski časopis.

https://www.youtube.com/watch?v=jFKWluuMdgs

Početkom prosinca nekoliko ljudi u gradu Wuhan u kineskoj provinciji Hubei počelo je oboljeti nakon odlaska na lokalnu tržnicu morskih plodova. Doživjeli su simptome poput kašlja, vrućice i otežanog disanja, pa čak i komplikacije povezane s akutnim respiratornim distres sindromom (ARDS). Neposredna dijagnoza bila je upala pluća, ali točan uzrok nije bio objašnjen. Što je uzrokovalo ovo novo izbijanje? Je li to teški akutni respiratorni sindrom (SARS) -CoV? Je li to bliskoistočni respiratorni sindrom (MERS) -CoV? Ispostavilo se da su znanstvenici poduzeli studiju za identifikaciju ovog virusa u prosincu nakon analize prvih nekoliko slučajeva. Ova studija je sada objavljena u Kineski medicinski časopis i identitet virusa je utvrđen - riječ je o potpuno novom virusu, usko povezanom s CoV-om sličnim SARS-u šišmiša. Dr. Jianwei Wang (Kineska akademija medicinskih znanosti, Institut za biologiju patogena), vodeći istraživač studije, navodi, “Naš je rad utvrdio identitet CoV porijekla od šišmiša koji je do sada bio nepoznat."

U ovoj su studiji znanstvenici s renomiranih istraživačkih instituta u Kini, poput Kineske akademije medicinskih znanosti, Instituta za biologiju patogena, Kinesko-japanske bolnice prijateljstva i Medicinskog fakulteta Peking Union, zajednički otkrili i identificirali novi CoV - glavni krivac izbijanje Wuhana - sekvenciranjem sljedeće generacije (NGS). Usredotočili su se na pet pacijenata primljenih u bolnicu Jin Yin-tan u Wuhanu, od kojih su većina bili radnici na Huanan Market Seafood Marketu u Wuhanu. Ti su pacijenti imali visoku temperaturu, kašalj i druge simptome te im je u početku dijagnosticirana upala pluća, ali nepoznatog uzroka. Stanje nekih pacijenata brzo se pogoršalo do ARDS-a; jedan je čak i umro. Dr. Wang kaže, "Rentgenski snimci prsnog koša pacijenata pokazali su neke maglovite prozirnosti i konsolidacije, tipične za upalu pluća. Međutim, željeli smo otkriti što je uzrokovalo upalu pluća, a naši sljedeći eksperimenti otkrili su točan uzrok—Nov CoV koji prije nije bio poznat."

Za istraživanje su znanstvenici koristili uzorke tekućine bronhoalveolarnog ispiranja (BAL) uzete od pacijenata (BAL je postupak u kojem se sterilna tekućina prenosi u pluća kroz bronhoskop i zatim prikuplja za analizu).

Prvo su znanstvenici pokušali identificirati virus sekvenciranjem genoma, koristeći NGS tehnologiju. NGS je poželjna metoda probira za identificiranje nepoznatih patogena jer brzo otkriva i isključuje sve poznate patogene mikroorganizme u uzorku. Na temelju sekvenciranja DNA / RNA iz uzoraka tekućine BAL, znanstvenici su otkrili da većina virusnih očitavanja pripada obitelji CoV. Znanstvenici su zatim sastavili različita "očitavanja" koja su pripadala CoV-ima i konstruirali čitavu genomsku sekvencu za novi virus; te su sekvence bile 99.8-99.9% slične među uzorcima svih pacijenata, što potvrđuje da je ovaj virus uobičajeni patogen kod svih pacijenata. Dalje, koristeći homološku analizu, gdje se sekvenca genoma uspoređuje s ostalim poznatim sekvencama genoma (s unaprijed postavljenim pragom od 90% da bi se mogla smatrati "novom" sekvencom), potvrdili su da je sekvenca genoma ovog novog virusa 79.0% sličan SARS-CoV, oko 51.8% sličan MERS-CoV, i oko 87.6–87.7% sličan drugim CoVs sličnim SARS-u od kineskih potkovica (zvanih ZC45 i ZXC21). Filogenetska analiza pokazala je da su sljedovi pet dobivenih sojeva CoV bili najbliži onim sojevima dobivenim od šišmiša, ali tvorili su zasebne evolucijske grane. Ova otkrića jasno sugeriraju da virus potječe od šišmiša. Dr. Wang kaže, "Budući da su sličnosti gena virusne replikaze sa svim ostalim poznatim "sličnim" virusima i dalje manje od 90%, a uzimajući u obzir i rezultate filogenetske analize, smatramo da je ovo doista novi, ranije nepoznati CoV. Ovaj novi virus privremeno se naziva 2019-ncov."

Na kraju, znanstvenici su prešli na "izoliranje" virusa iz uzoraka BAL tekućine provjerom pokazuju li uzorci tekućine citopatski učinak na stanične linije u laboratoriju. Stanice izložene uzorcima tekućine promatrane su pod elektronskim mikroskopom, a znanstvenici su pronašli karakteristične strukture slične CoV. Također su koristili imunofluorescenciju - tehniku ​​koja koristi specifična antitijela označena fluorescentnim bojama. Za to su koristili serum bolesnika koji su se oporavljali (koji je sadržavao antitijela) koji su reagirali s virusnim česticama unutar stanica; to je potvrdilo da je ovaj virus doista uzrok zaraze.

Ova studija utire put budućim studijama da bolje razumiju virus i njegove izvore, posebno s obzirom na njegovo brzo širenje, sposobnost izazivanja fatalnog ARDS-a i paniku izazvanu izbijanjem. Iako su 4 od 5 pacijenata od kojih je identificiran ovaj virus s tržišta morskih plodova u Wuhanu, točno podrijetlo infekcije nije poznato. CoV se mogao prenijeti na ljude putem "srednjeg" nosača, kao u slučaju SARS-CoV (meso palmove cibete) ili MERS-CoV (deva). Dr. Wang zaključuje, "Svi ljudski CoV su zoonotski, a nekoliko ljudskih CoV potječe od šišmiša, uključujući SARS i MERS-CoV. Naše istraživanje jasno pokazuje hitnu potrebu za redovitim praćenjem prijenosa CoV-a podrijetlom šišmiša na ljude. Pojava ovog virusa ogromna je prijetnja za javno zdravlje, stoga je od presudne važnosti razumjeti izvor ovog virusa i odlučiti se o sljedećim koracima prije nego što budemo svjedoci izbijanja šireg obima".